Uno de los poetas más reconocidos de Guatemala, Francisco Morales fue miembro fundador del grupo Nuevo Signo y dirigió los tres únicos números del periódico La Gran flauta y de la edición de Las plumas de la serpiente, antología del grupo. Asimismo, ha colaborado en periódicos y revistas de Guatemala, México, El Salvador, Costa Rica y Colombia.  En el año 2005 formó parte del jurado internacional del Premio Nacional de Literatura Ricardo Miró de Panamá.

Entre sus numerosos libros, destacan Agua en el silencio (1961), Ciudades en el llanto (1963 y 1965), Germinación de la luz (1966), Nimayá (1968), Sensación de lo lejano (1968), Tenebrario (1969), Escrito sobre olivos (1971), Cuerno de incendio (1976), Cartas para seguir con vida (1977 y 1993), Ceremonial para el olvido (1979), Poesía para lugares públicos (1976), Conjuros contra gangrena y tumba (1978), Al pie de la letra (1987), Madre, nosotros también somos historia (1988/1990/1998), Implicaciones del verbo amar (1990),Ceremonial contra el olvido (1995), Asalto al cielo: antología 1967-1996 (1997), ¡Oh líquida memoria! (1999) y Escritos sobre fondo oscuro (2001).

Su poesía ha sido traducida al quiché, kanjobal, francés, inglés, portugués, italiano y ruso. Figura en antologías publicadas en Guatemala, México, El Salvador, España, Brasil, Argentina, Francia, Inglaterra, Ecuador y Colombia.

Obtuvo el primer premio en los Juegos Florales Centroamericanos de Quezaltenango y el Premio Único en el Festival Nacional de Arte de la Universidad de San Carlos de Guatemala. En 1988 obtuvo el Premio Nacional de Literatura Miguel Ángel Asturias. En 2008 el Consejo Superior de Educación de Costa Rica le notificó que a partir de ese año su libro Ajonjolí sería lectura obligatoria en dicho país.