Elegido el 16 de marzo para ocupar el sillón A de la Academia Venezolana de la Lengua, cuyo último titular fue Ramón J. Velásquez, fallecido en junio de 2014. Tomó posesión el 27 de abril de 2015 con un discurso titulado La República de las Letras en la Babel étnica de la Orinoquia. Le contestó, en nombre de la corporación, Francisco Javier Pérez.

El padre José del Rey Fajardo fue director de la Escuela de Letras, decano de la Facultad de Humanidades y Educación, vicerrector de la Extensión Táchira de la Universidad Católica Andrés Bello y asimismo rector fundador de la Universidad Católica del Táchira. Ocupó el puesto de director del Instituto de Investigaciones Históricas de la Universidad Católica Andrés Bello. Fue individuo de número de la Academia Nacional de la Historia. En 2018 fue nombrado doctor honoris causa por la Pontificia Universidad Javeriana de Bogotá.

Es autor de una extensa obra que versa principalmente sobre la historia y la historiografía de los jesuitas en Venezuela, con especial énfasis en la historia de las misiones orinoquenses y los aportes lingüísticos de los misioneros. Destacan Fuentes para el estudio de las misiones (1970); Aportes jesuíticos a la filología colonial venezolana (1971); Biobibliografía de los jesuitas en la Venezuela colonial (1974); Misiones jesuíticas en la Orinoquia (1977); Los jesuitas y las lenguas indígenas venezolanas (1981); La expulsión de los jesuitas de Venezuela (1767-1768) (1990); La pedagogía jesuítica en Venezuela (1991); Hombre, tierra y sociedad (1996); El aporte de la Javeriana colonial a la cartografía orinoquense (2003), y Virtud y letras en el Maracaibo hispánico (2003).